家庭制作酸奶最好用酸奶机。因为它可以提供稳定的温度，保证旺盛繁殖的一定是目标乳酸菌，而不是其他的杂菌。酸奶机的温度是40~42℃，正好是制作酸奶所用的保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌的最佳繁殖温度。多数致病菌的适合繁殖温度是20~37℃，它们不喜欢40℃以上的高温。如果温度差异较大，则有可能造成杂菌的繁殖增加，安全性下降。
用菌粉或市售酸奶来做菌种均可。用菌粉时，加入的是冷冻干燥的菌种，它们在温暖环境中能够苏醒过来发挥作用。用市售酸奶时，一定要注意买最新出厂的冷藏酸奶。因为随着储藏时间的延长和储藏温度的上升，其中活菌数会不断下降，影响制作酸奶时的效果。一定要注意，那些常温下销售的酸奶不能做种，因为它们无法提供活菌，不能保证制作酸奶的安全性。
酸奶制作的基本要求是有足够多的保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，所以买两种基本菌的菌粉即可。其他的保健菌，如嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、某些乳酪乳杆菌的菌株等，研究证明它们如果能够定植在人体大肠中的话，的确对健康有益。不过，如果保证这些菌发挥作用，那么前提是发酵后能够有足够的活菌数。
可是，这些菌的最适发酵条件不一定和前面说的这两种基本菌一样。特别是双歧杆菌，它们属于严格厌氧菌。所以，一般家庭的酸奶制作过程很难得到活的双歧杆菌。因此，不必对菌种中的保健菌期待太高。
一般来说，作为菌种的市售酸奶加入量在10%左右比较合适。比如说，发酵500克牛奶，用50克（小杯酸奶半杯）就可以了。这样的量，是为了让乳酸菌一开始就建立绝对的数量优势，能有足够的能力压制各种其他杂菌，即便是经验不足的人，也能保证酸奶制作成功。
如果用购买来的菌种自己做酸奶，可以再用来做菌种发酵两三次，如果用市场上的酸奶做种，最多可以再用一两次。想增加使用次数、降低制作成本，前提是做酸奶的操作足够规范，同时还要保证用来做种的自制酸奶质量足够高。
在用上一次的酸奶做菌种的时候需要注意，酸奶的味道必须纯正，而且要足够新鲜。味道纯正表明没有污染太多其他杂菌。发酵适度、及时冷藏、没有久存的酸奶中菌的活力还比较高。如果发酵过久，或者做好后没有及时冷藏，或冷藏时间太久，则酸奶中的活乳酸菌数量就会下降。假如发觉酸奶的味道有了酒味，或者有轻微的霉味，那就说明已经污染了大量杂菌，坚决不能再用了。
做酸奶之前，假如不是用刚从灭菌利乐包里倒出来的奶，最好把原料奶加热一下，加热到60~80℃，不沸腾但是可以杀灭大部分细菌，然后再降到40℃，再接种。做酸奶的盒子和加菌种的勺子等也要用沸水烫一下，或者在做酸奶的杯子、盒子里放一勺水，在微波炉里转一下，用热蒸汽杀掉上面的微生物，尽量减少杂菌的污染机会。
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