中国和澳大利亚古人类研究者联合攻关的关于云南“马鹿洞人”的最新研究认为，这个兼具远古人类和现代人类的某些特征、兼有亚非欧人群交融特征的古人类种群的发现，佐证了东西方文化、人种、基因在早期就已有双向交流融合的说法，说明人类并不是在某一地区单独起源的，而是在不断迁徙、交融中演进的。
研究者认为，这个生活于万年前的类似“少数民族”人群的发现，可能是代表具有早期智人特征人群的最晚记录，与此同时表明现代人在东亚地区起源和演化要比先前所知的复杂很多，暗示现在断定现代人起源自非洲还是其他地区都为时尚早。
云南省文物考古研究所古人类研究部主任吉学平告诉记者，“马鹿洞人”没有现代人的下巴，有巨大的臼齿。眉脊粗壮，十分醒目，左右眉脊间呈波状；眉额沟显著，在眉脊与额骨间，形成一条横向凹宽的沟；头骨较厚，最厚处为7毫米。
“马鹿洞人”最早也被称为“蒙自人”。1989年5月的一天，在云南省红河哈尼族彝族自治州蒙自市郊的文澜镇采石场，镇文化站工作人员李福顺偶然发现一处动物骨骼化石遗址。
同年8月至9月间，经过10余天的抢救性发掘后，云南省博物馆研究员张兴永带领的团队收获颇丰：除了一具较完整的人类头盖骨化石之外，还有3件头骨化石碎片和人类下颌骨、牙齿化石，以及大量灰烬、烧红土、柴炭、烧骨炭、兽骨等各类化石。由于洞中发现了大量大型鹿类化石，考古队员将遗址命名为马鹿洞，在此曾经生活的古人类被命名为“马鹿洞人”。
据当时参与考古作业的现蒙自市文管所所长包震德回忆：“当时遗址呈倾斜袋状形，高7米、宽8米，经过发掘，发现文化层有数米厚。发掘至2米多处时，一个半球形的化石被清刷之后，一个完整的疑似人类头盖骨化石呈现在眼前，头盖骨两侧还有对称的人工钻孔。当时张教授很激动，他说‘这将是一项重大发现’。”
张兴永等专家发现，虽然在脑容量较大、头骨较长等方面的总体形态体现出晚期智人的特点，但“马鹿洞人”眉脊发达、头骨较厚且扁平，与更原始的早期智人有相同之处。张兴永等认为，“马鹿洞人”遗址时代距今1万年左右。根据遗址出土的工具来看，当时已有用鹿角磨成的角铲、角锥和石锤、手锤及石英石切割器等，使用痕迹明显，因而被定性为“旧石器时代晚期文化”，他们在山洞中过着以狩猎为主的生活。
不幸的是，张兴永因积劳成疾于1993年去世，之后“马鹿洞人”的研究陷入“尘封”，直到2008年中澳联合重启对“马鹿洞人”以及与其同期的广西“隆林人”的研究。
中澳学者测定得出结论，“马鹿洞人”生存于距今14500年至11500年间。采用与各地发现的智人数据比对分析等多种手段，他们认为“马鹿洞人”兼具远古人类和现代人类的某些特征，即早期智人和晚期智人的镶嵌特征，验证了张兴永等学者的观点。
但不同于张兴永认为镶嵌特征属群体中的个体差异现象，中澳科学家认为，镶嵌特征属于人类种群差异，或可能代表着一种过去未知的新的人群；虽然不能明确认为是古人类一种新的种群，但至少是同时代人类种群中的一支新的旁支或亚种，可喻为旧石器时代古人类中的“少数民族”。
距今约1万年前，已是人类从狩猎采集时代向农耕时代过渡的时期。同为“马鹿洞人”研究项目中方组成员的吉学平表示，兼具早期智人与晚期智人特征的“马鹿洞人”的存在表明，在古人类时代，现代人在东亚地区起源和演化要比先前所知的更为复杂，人类进化的多样性在那时就已存在。
据中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员黄慰文介绍，目前学术界对人类起源阶段的划分，大致为南方古猿、能人、直立人（猿人）、早期智人、晚期智人。
黄慰文表示，目前有现代人起源于非洲还是亚洲的争论，但要注意地质和环境变迁的背景，亚非欧本来是连在一起的，同属一个大陆，在几万年至几百万年的历史中，人类的大范围迁移、融合必然存在。“马鹿洞人”为现代人起源研究提供更多依据，特别是目前呈现出迁移与交融方面的证据，这个发现本身很有意义。
“元谋人”“禄丰古猿”“马鹿洞人”……一次次关于古人类的考古发现，让世人的瞩目云南。黄慰文认为，从云南已经发现的古人类遗址及其所反映的文化遗物推测，云南应该还存在其他时期的古人类活动的痕迹，若能不断发掘出土新的人类化石，将不断补充、增添人类进化链条上的环节。
“但目前回答现代人是‘非洲起源’还是‘多地区起源’仍为时过早，因为这需要大量的证据。而古人类学界要做的，就是充分寻找化石证据，特别是利用好已经发现的人类化石资源，不断丰富人类进化图谱。”吉学平说。
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