根据卫生部此前公布的数据，目前我国抗菌药物的临床应用存在诸多问题。
一是临床应用抗菌药物品种多，在国际上被反复警示甚至取消注册的药物仍在我国部分医疗机构中使用。
二是抗菌药物使用率和使用强度高，用量大。68.9%的住院病人使用抗菌药物，平均100个患者一天消耗80.1人份的抗菌药物。
三是药物应用结构不合理。
世界卫生组织驻华代表蓝睿明指出，滥用抗生素导致的细菌耐药及其在全球的蔓延，会使目前用于感染性疾病治疗的许多药物难以保持疗效，如果不采取紧急的纠正和预防行动，世界将进入后抗生素时代，将无药可用。
卫生部副部长马晓伟表示，卫生部计划制定抗菌药物管理办法和使用标准，要求各级医疗机构对抗生素的用药情况进行监测，对医生的行为进行检查，将把抗生素和其他药品使用量作为考核医院政绩和工作的主要指标，组织全国性的督导检查，违规严重的医院甚至存在被降级的可能。
我国每年抗生素的使用量有多少？卫生部医政司医疗处处长焦雅辉表示，目前全国抗生素使用量还没有一个准确的统计。“我们目前掌握的只是监测网中不到200家医院的使用量，今年准备扩大监测网范围，要求省里也建设自己的监测网，争取建设一个覆盖全国县医院以上的网络。”
对于我国“每年有8万人死于过度使用抗生素”的说法，焦雅辉说，这个数字的准确性现在不好评论。“我们追查了所用引用这个数字的文章中提到的专家，以及相关媒体，没有任何一个人能给出科学、准确的出处。”焦雅辉说，根据药监局的药品不良反应监测数据，2009年和2010年，我国因药品不良反应死亡的人数加起来只有1100人，“8万人这个数字还没找到出处。”
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