薰苍术是端午节的传统习俗活动之一。所谓薰苍术，就是民间传统用苍术消毒空气。即将天然的苍术捆绑在一起，燃烧后产生的薄烟，不仅会散发出清香，还可以驱赶蚊虫，令人神清气爽。特别是端午节时，用苍术、白芷，或菖蒲、艾叶，烟熏消毒。
薰苍术 - 烟熏消毒
所谓薰苍术，就是民间传统用苍术消毒空气。即将天然的苍术捆绑在一起，燃烧后产生的薄烟，不仅会散发出清香，还可以驱赶蚊虫，令人神清气爽。特别是端午节时，用苍术、白芷，或菖蒲、艾叶，烟熏消毒。
《本草纲目》记载：辟一切恶气，用赤术同猪蹄甲烧烟，陶隐居亦言术能除恶气，弭灾诊，故今病疫及岁旦，人家往往烧苍术以辟邪气。
《本草正义》记述更为详细：苍术，气味雄厚，较白术愈猛，能彻上彻下，燥湿而宣化痰饮，芳香辟秽，胜四时不正之气；故时疫之病多用之。最能驱除秽浊恶气，阴霆之域，久旷之屋，宜焚此物而后居人，亦此意也。
现代研究表明，苍术化学成分含挥发油，油中主含苍术素（atractylodin）、β-桉油醇（β-eudesmol）、茅术醇（hinesol）、羟基苍术酮（hydroxy-atractylon）等。苍术提取物具有消除耐药福氏痢疾杆菌R质粒的作用，能降低细菌耐药性的产生。
目前苍术被临床广泛应用于门诊室，病房等处的空气消毒。利用95%乙醇浸泡苍术10小时，取出苍术，放在准备消毒的手术室地面上，点燃，直到苍术化为灰为止，消毒后比消毒前空气中菌落数明显减少。苍术、艾叶烟熏消毒（6立方米实验室各用4两，烟熏2小时）对结核杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠、枯草及绿脓杆菌有显著的灭菌效果，与福尔马林相似；而优于紫外线及乳酸的消毒。
苍术挥发油成分无毒无刺激性气味，不具有腐蚀性，完全适合在有人的情况下使用，可以用于持续动态的空气消毒，适用于诸如病房、公交车、地铁等场合，比目前其他的空气消毒方法，如紫外线消毒、臭氧以及一些化学消毒剂都要安全。从医院病房实际使用的经验来看，直接燃烧苍术的消毒方式比较简便，不需要特殊的设备，但是使用明火有安全隐患，同时药材燃烧还产生大量的烟雾，可能会刺激呼吸道，在人多的场合不适合使用。用现代方法，提取苍术中的有效杀菌成分挥发油，加工成喷雾剂和熏蒸液，但喷雾剂虽然不用明火，不产生烟雾，但在喷洒过程中会产生大量的微小液滴，沉降过程中可能会沾染病人和医务人员的衣物，使用起来也不是很方便。相对而言，苍术挥发油熏蒸液没有前面两种剂型的缺点，但在抑菌效果方面则不如喷雾剂。
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