CT扫描是通过发射X线来实现的，这种高速微小X线光子流照射人体后，一部分穿透人体，一部分被人体组织所吸收，并积存于人体内。若短时间内多次照射，会引起白血球降低，出现疲劳乏力、眩晕、呕吐等症状，尤其是孕妇、新生儿和身体极度虚弱的患者，照射后更易诱发畸变、癌变及其它不良反应。
CT检查的辐射量有多大？
自打40年前，计算机断层扫描技术（CT）成为医生常用的检查手段之后，研究者就一直担忧，这项医学成像检查会增加病人患癌症的风险。CT扫描仪通过对人体施以x射线照射而获得图像，而这种射线会破坏DNA，造成突变，诱使细胞发生癌变。
并且，单次CT扫描让人体接受的辐射剂量是传统x射线机的150～1 100倍，大致相当于人体一年内从自然和人工射线源接受的辐射剂量的总和。不过，过去医生们一直假定，CT扫描利大于弊。因为，利用环绕头部、胸部和其他身体部位的x射线，扫描仪能够构建三维图像，比来自传统x射线机的图像精细许多。医生能够借此做出更准确的诊断。
CT检查会致癌？
过去10年，一些研究再次激起了人们的担忧。美国国家癌症研究所的科学家估计，美国2007年发生的7 200万次CT扫描，是此后发生的29 000例癌症的诱因。这相当于在美国每年确诊的170万癌症病例中，有2%都是由CT扫描导致的。2009年，一项针对旧金山湾区的医学中心的研究，也估算了CT扫描带来的癌症风险：每进行400～2 000次常规的胸部CT检查，就会导致一个癌症病例。
但这一预测并不一定可靠，出于伦理原因，科学家不可能为了评估CT的致癌风险，而对患者进行辐射。科学家评估辐射与癌症的内在联系时，很大程度上都依赖于一个可能有误导性的数据集：第二次世界大战期间，经历过原子弹爆炸的那些幸存者（主要是存活时间较长的幸存者）的癌症发生率。
盲目做CT检查 或会危害人体
烦躁不安和点头呼吸病人也不宜做此项检查。CT通过X线对人体扫描采集数据，再利用计算机获取模拟图像。在扫描过程中，病人的活动会使采集不完整或重叠，从而导致计算机无法重建其完整图像。因此此类病人应在病情稳定和安静状态下进行扫描。
常规腹部CT扫描宜空腹，并于检查前口服胃肠道造影剂，使胃肠道充盈，以便区分胃肠道与肝脏、肾脏等实质性器官。但肠梗阻等急腹症患者难于做到以上准备，因这类病人过度用口呼吸或出现反射性肠郁张可使胃肠道积气明显增多，干扰其它组织结构的显示，易导致漏和误诊，故急腹症患者最好不做急诊CT扫描。
怀疑脑干、后颅凹及脊髓病变患者不宜做CT。CT扫描是对X线吸收差别小的正常组织和病变本身的显影，对X线吸收判别较大的结构如后颅凹、脊髓等，扫描后获取的图像可显示横带状“伪影”假象，严重影响这些部位病变的观察。建议这些病人做磁共振检查。
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