改制重组是昆明公立医院改革的重大突破，这一方式突破了公立医院原有的产权制度模式，并鼓励各类社会资本，以多种方式参与公立医院改制重组。明确市第一人民医院、市儿童医院、市口腔医院3家公立医院作为改制试点医院，3家医院将在年底前基本完成改制工作，实施股份制。
改制医院资产经审计评估，作为市政府的资产入股，而由市政府选定的合作方以现金入股。双方以出资额为基础计算各自所占股权比例，政府股权原则上不得低于34%。改制后医院新增固定资产（不含土地）3000万元以上的，政府按投资额的8至10‰给予一次性奖励。到2012年，民营医疗机构资产占全市医疗总资产的比例将达到70%以上，民营医疗机构床位占到全市总床位的50%以上。
昆明市医疗投资有限公司将加挂昆明市医院发展中心牌子，发展中心代表政府履行出资人义务，承担政府开办公立医院的职责。发展中心负责建立市级公立医院法人治理结构，组建市级公立医院理事会并对发展中心负责，对医院运营中的重大问题、重大项目投资、大额资金使用等事项进行决策。公立医院院长按照干部公选的相关规定，由具有干部管理权限的部门或卫生行政部门负责组织公选，由昆明市医院发展中心聘任。
方案规定，改制后的公立医院医院将实行院长负责制，取消医疗机构行政级别，推行全员聘用制，医院原有领导干部的行政级别和工资标准实行档案管理。医院实行理事会领导下的院长负责制，院长对理事会负责。
院长拥有医院的经营管理和人事管理权限，通过民主程序决定医院内设业务机构，自主招聘员工、设置专业技术岗位、确定薪酬分配办法、决定非资产性的经费支出。医院内部推行岗位设置和岗位聘任管理制度，完善以岗位绩效工资制度为核心的分配机制，绩效工资不封顶；进一步推行“院长年薪制”和“专家年薪制”。
方案还明确，社会力量办医模式，按照城乡一体化、政策平等化、类别多元化、管理规范化的工作原则进行。经批准，公立医院的医学影像、检验、病理等医技辅助科室，通过标准化建设和行业评估，可面向社会其他医疗机构开放，降低社会成本，提高医疗资源的利用效率。
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