本草物质组计划是针对中药研究所面临的问题而提出的，这些问题包括：多组分、多靶点、整合调节理论尚未得到系统验证；中药研究技术和产品不标准；中药物质基础和作用机理仍不清晰；标准化的中药组分资源和信息资源匮乏。本草物质组计划就此提出要依靠现代科技手段，通过方法学和关键技术上的创新和发展，对本草物质基础进行系统、深入的解析。分离材料的研发是高通量制备与表征的基础，大力发展基质材料，并在基质材料的基础上设计多种新型的、系列的功能分离材料以适应中药复杂体系的分离分析要求，去解释中药为什么能治病，这无疑是一条可能会在中药研究上取得突破的道路。
而要达到这个目标首先应该解决的核心问题是：必须掌握所有中药的物质信息，清楚所有的靶点以及靶点之间的生理、病理特别是与中医疾病、证候的关系。最后要解决的还是中药的疗效问题，研究结果无非是对疗效的阐明而已。
中医药对疾病的认识，甚至是一些现代医药理论对疾病的认识同样存在多因一果的问题，即认为不少疾病并不是一种原因造成的，治愈一种疾病很多情况下也不是一种治疗方法或一种药物能够完成的，患者同时患有其他多种疾病的现象很常见。现代医药多是将单因素研究的药物进行联合应用，本身缺乏充分的研究基础，而中医药往往将其归纳为一个“证”。中药的特点就在于多种物质作用于多个靶点，辨证施治，困难就是多种物质和靶点的不清晰，辨证施治是理论与实际相结合的变化过程，这个过程很难以一种试验方法来验证。而中药具有疗效是这种认识的逻辑起点，不可否认中药具有疗效，问题的关键在于是否已经正确地认识了它的疗效？
实际上，所有关于中药现代化、国际化的话题都是围绕着中成药展开的，并不涉及传统的临床中药，但后着正是中医药的精华所在。从某种意义上说，中成药不能代表中药，至少不能代表中医药理论的核心和特点，甚至其是否属于传统中药都尚需讨论。比如，传统的临床中药离不开临床辨证、因人施治，其间的变化和差异很大，非中医医师是不能开出临床处方的，但现在相当数量的中成药为非中医医师所使用，没有中医药理论，不知道处方和剂量，当然不能达到因人施治的目的。本草物质组计划的基本设想是一切处于“假定不变”的前提之下，但实际上，疾病及其发展过程是千变万化的。以六味地黄丸为例：其功效为滋阴补肾，用于肾阴亏损，头晕耳鸣，腰膝酸软，骨蒸潮热，盗汗，遗精，消渴。据说可以应用的病种超过100个，其“靶点”之多难以尽数，它到底能够治愈何种疾病？能够缓解何种疾病的症状？应该用在疾病的哪个阶段？还是应全程适用？六味地黄有多种口服剂型，工艺各不相同，但为什么都折合为相同的处方饮片剂量？不同的疾病使用这些饮片，效果有何差别？这些问题都有待论证。
本草物质组计划意在开创一条实现中药现代化的道路，而现在实际上亟需解决的是中药“现实化”的问题。《中国药典》中对中药功效的归纳是基于“水煎煮”这一方法的，在此以外如何描述中药的功效尚无通说。中药面临的困惑是：技术要求离西药越来越近，在各种评价和审评中引入大量的现代医学、药学标准进行评价，甚至评审工作也主要由现代医药人员来担任，一些具有中医药特质的项目、课题遭到批判和否定，这些反过来却被认为是加快了中药的现代化研究步伐。
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