新公布的五项制度包括财政部会同卫生部修订印发的《医院财务制度》和《医院会计制度》，制定印发的《基层医疗卫生机构财务制度》和《基层医疗卫生机构会计制度》，以及中国注册会计师协会制定印发的《医院财务报表审计指引》。新的医院财务、会计制度将于2011年7月1日起在公立医院改革国家联系试点城市执行，2012年1月1日起在全国执行。基层医疗卫生机构财务、会计制度和医院财务报表审计指引都将于2011年7月1日起全面执行。财政部、卫生部于1998年颁布的医院财务、会计制度，将于新规执行的同时废止。
记者了解到，与旧版制度相比，新修订的医院财务、会计制度充分体现了公立医院的公益性特点，强化了医院的收支管理和成本核算，在医疗药品收支核算、医疗成本归集核算体系、会计科目和财务报告体系、医院财务报表注册会计师审计等方面均进行了较大调整和创新。新的医院财务制度重点强化医院财务管理的几个重要方面，如真实反映资产、合理确定医疗成本、健全成本核算、加强预算管理，特别强调三级医院必须设置总会计师一职。
新制定的基层医疗卫生机构财务、会计制度则是为深化医改“量身定制”，着重体现政府对基层医疗卫生机构收支活动的预算管控，强化预算约束机制，合理划分收支，规范资产管理，并结合实施绩效工资，设立奖励基金，建立激励机制。
新的医院财务、会计制度明确规定，医院年度财务报告应按规定经过注册会计师审计，中国注册会计师协会还专门制定了相应的医院财务报表审计指引。
财政部副部长王军表示，五项制度的贯彻落实将与医改整体工作进展紧密结合，通过适当的财务、会计信息披露增强医疗机构业务活动和成本构成的透明度，制约对患者的不合理收费和医药费用过快上涨；通过建立与绩效挂钩的财务管理体系，推动医疗机构人事制度和收入分配制度改革；通过引进医疗机构财务报告注册会计师审计，加快形成内外部监督相结合、全过程、全范围的监督体系。
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