针对不同的医疗保险制度分属不同部门主管，带来资源浪费、重复参保等问题，全国人大常委会委员建议进行整合。
哈斯巴根委员指出，职工医保、居民医保由人社部门负责，新农合、医疗救助分别由卫生和民政部门负责，三个部门内部都层层设置专门机构或指定人员从事基本医疗保障工作，每个定点医疗机构内部都分别设置职工医保、居民医保、新农合报销窗口，每个医院几乎都有三四个窗口，负责结算工作，造成了管理体制不顺、经办资源不足与浪费并存。他建议，将职工医保和居民医保、新农合、城乡医疗救助逐步合并归一个部门管理。
据统计，今年10月底城镇职工和城镇居民医保参保人数达4.24亿，新农合参合人数达到了8.35亿人，两个数字加起来12.6亿，“这个数字表明全国人民都被覆盖了，而现实并非如此”。郑功成委员分析，由于部门的分割、经办的分割，重复参保的人数估计在1亿人以上，浪费了资源。
他以自己到一个城市的调查为例，原有一套医保信息系统，后又要建一个农民合作医疗信息系统，投入达6000万，“全国三百多个城市，如果每个地方两套信息系统，加起来就是200多亿，更重要的是两套信息系统不兼容，后患无穷。”他认为，医改下一步要解决统一经办，实现一套经办机构一套信息系统，这应当作为重中之重的改革任务。
“理性看待基本药物制度”
对于基本药物制度在缓解看病贵看病难问题上应如何期待，任茂东委员表示不宜估计过高。
他分析，目前医院医疗服务的供给水平、技术装备、药品等都已接近发达国家。按这种服务供给水平保障全民，是政府、社会和公民个人都难以承受的。看病贵看病难的问题不是基本药物造成的，而是贵在了用药结构上，特别是进口药品和耗材更高，而基本药物在整个药品消费中的比例很低。
任茂东表示，据统计基本药物的消费只占药品消费的10%左右，零差价就更少。零差价后政府资金补贴不到位，医疗人员的积极性如何调动？他建议在宣传基本药物制度时应避免说过头话。
列席会议的全国人大代表夏绩恩今年9月对药品价格进行了调研分析，他随机抽选了52种药品，只有一种药品招标价格比非招标价格便宜13%，其差价为2.6元。其他51种平均零售价格都高于药店平均价格30.7%，价差为7.39元。
其中，随机抽选的52种药品中因为有一部分是基本药物，有一部分是非基本药物，抽选的基本药物目录招标价格都比发改委公布的最高零售价格低。
他建议切实加强对药品集中采购中价格的监督管理，从根本上解决药品虚报价格，他以调研为例，很多省份发改委定了价，有的招标价格刚刚和发改委一致，可以看出发改委的价格是不符合实际的，是虚高的。
“医院应解决行政化问题”
列席会议的全国人大教科文卫委员会委员马力针对管理体制问题提出实行管办分离，资源整合。她分析，卫生部门直接管着下面的医院，思路和大部分的措施主要是从医院怎么能生存、医生怎么能更好地调动积极性方面考虑，而对于民众怎样降低医疗费用、得到高质量的服务，主要在第一条“医疗保障制度建立”中得以集中体现，后面改革思路则体现得不够。
她认为，卫生部门的职能应是全行业的管理、提供基本的公共卫生服务、制定卫生规划，还有医疗卫生机构的设置人员、大型设备配置等实施许可管理、对医疗服务进行质量管理等。下面应该设专门的医疗管理委员会管理医院，它是独立的，要实施管办分离才能真正解决医院的行政化问题，卫生部门才能踏下心来站在国家、医院、民众的立场共同思考改革问题。
