由于医学研究成果受到方舟子、方玄昌的质疑，肖传国认为“二方”影响了自己的行医收入，妨碍了自己当选院士，于是出钱收买歹徒，对“二方”悍然实施暴力袭击。这是一起典型的故意买凶伤人案件，法院仅以寻衅滋事罪，判处买凶者和凶手不足半年的拘役，别说作为受害者的“二方”，一般人只要不是肖传国的支持者，大约也都会觉得判得太轻。
此外，法院在审判过程中也颇有不同寻常之处，如不同意“二方”提出的重新鉴定申请；检方建议适用普通程序审理，法院却擅自适用简易程序审理；法官一度宣布休庭，待方舟子的律师离开后，又宣布继续开庭，并迅速作出判决。凡此种种无不显示，法院的判决大有“从快从轻”之嫌。
方舟子就此写了篇博客《如此恶性的案子为什么能得到最轻微的判决？》，除披露了庭审中出示的一些证据或相关情况外，也未能回答肖传国为何获轻判的疑问。比如他披露，肖传国自己供述称，肖的父亲是湖北赤壁市原政法委书记，弟弟是咸宁市公安局副局长，但方舟子强调，他“不是在暗示其家人与此案有关”。的确，即便肖传国有上述家庭背景，似乎也不足以影响北京法院作出轻判。看来，肖传国获轻判一定另有原因。
方舟子是知名的公众人物，被誉为“打假斗士”，方玄昌是知名财经媒体的揭黑记者，肖传国买凶袭击“二方”，与“二方”形成了直接的、尖锐的“敌对关系”，因此，权力机关对肖传国的态度，必然与他们对“二方”的态度密切相关。如果法院依法对肖传国和几名凶手予以严惩，该以故意伤害罪论处的，就以故意伤害罪论处，该判三五年的就判他个三五年，这就是对“二方”最好的保护，是对“二方”的打假、揭黑工作最好的鼓励。反之，如果法院对肖传国和几名凶手予以轻判，其实未必是在对肖传国等人手下留情，而更可能是为了显示一种微妙的态度——权力机关并不怎么鼓励“二方”等人的打假、揭黑工作，如果有人对他们实施打击报复，权力机关并不怎么愿意对打击报复者依法严惩。
“对敌人的严惩就是对人民的保护，对敌人的仁慈就是对人民的犯罪”，同样，对肖传国的轻判，实际上就是对方舟子、方玄昌所代表的学术打假、新闻揭黑的轻视。近年来，一些地方和部门对方舟子等人的学术打假举报冷漠相向，对新闻媒体的揭露性报道深恶痛绝，联系到这些情形，你就能够理解，某些权力机关为何要“轻判”肖传国了。如果对肖传国依法严惩，岂不是大长了方舟子们的志气？如果方舟子们受到鼓励之后，从“学术打假”转向“权力打假”，天知道会有多么可怕的结果？在目前的国情条件下，某些权力机关如此苦心孤诣深谋远虑，可以说是再自然不过了。
