导致克罗恩氏病的原因目前未知，一些科学家怀疑是因为细菌比如分支杆菌菌株的感染，可能会导致克罗恩氏病。然而，迄今为止，仍然没有足以让人信服的证据表明，克罗恩氏病是由于细菌感染引起的，因为克罗恩氏病是不会传染的。虽然饮食有可能会影响患者的症状，但是饮食并不可能为克罗恩氏病的患病负主要责任。
在炎性肠病中，激活免疫系统的肠子是很重要的。免疫系统由免疫细胞和免疫细胞产生的蛋白质组成。通常来说，这些免疫细胞和蛋白质能够保护我们的身体免受有害细菌、病毒、真菌和其他外来物质的侵略。激活免疫系统会导致严重组织内也发生激活。
正常情况下，免疫系统只有在身体内出现有害侵略物质的时候才会被激活，然而，在有些炎性肠病中，免疫系统会在没有察觉到有害侵略物质的时候反常地慢性地被激活。免疫系统持续的异常激活的结果就是导致慢性炎症和溃疡。容易异常激活的免疫系统是由于基因遗传，因此，有炎性肠病的人的第一级亲属（兄弟、姐妹、子女和家长）更容易患上这些疾病。最近，一个被称为NOD2的基因已经被确定为与克罗恩氏病有关。这个基因对于在确定身体如何回应一些细菌的产物上是很重要的。在这种基因突变的人中，更容易患上克罗恩氏病。
其他基因的发现和研究对于了解克罗恩氏病的发病原理方面也是很重要的，包括吞噬细胞的相关的ATG 16 /1基因和免疫相关鸟苷三磷酸酶 ，这两者都是对研究巨噬细胞的缺点和辨认全基因组关联很有贡献的。就这一点而言，也有研究表明，在克罗恩氏病的患者的肠道中，某种类型的细菌的含量较高，大肠杆菌可能在其发病原理中扮演这一定的角色。一个假设的机制中，消除大肠杆菌可能是由一个肠粘膜的细胞中基因决定的。确切来说，这些不同的因素在克罗恩氏病的发展上的作用仍然是不明确的。（实习编译：黄明芳 审校：邱天华）
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