2011年1月11日，深圳壹基金公益基金会在深圳宣布转型公募成功之际，中国红十字会新闻发言人王汝鹏在官方网站发布消息称：挂靠在中国红十字会下的李连杰壹基金专项计划将中断。
王汝鹏指出，中国红十字会和李连杰先生于2007年共同倡导发起“壹基金计划”，三年多来，募集捐款1.9亿多元，资助支出1.4亿多元，为促进中国公益事业的发展作出了积极贡献。
但李连杰在深圳获准登记的壹基金公益基金会是一家具有独立法人地位的公募基金会，它与中国红十字会没有隶属关系。随着深圳壹基金公益基金会的正式成立，中国红十字会同意“壹基金计划”管委会提出的有关申请，支持该基金会继续传承和发展“壹基金”的公益理念，实施和管理该基金资助的公益项目。
他指出，红十字会将根据壹基金管委会的申请，成立清算小组。清算完成后，中国红十字会李连杰壹基金计划将终止实施。除了通过红十字会系统实施的项目，该基金终止前资助的公益项目，将交由深圳壹基金公益基金会继续实施和管理。
王汝鹏表示，壹基金计划实施以来，总体运行良好，社会影响力不断扩大。中国红十字会将一如既往，继续关注和支持深圳壹基金公益基金会的健康发展。
“李连杰壹基金计划”与中国红十字总会合作，作为其架构下独立运作的项目，2007年4月19日在北京正式启动。以壹基金名义筹得的善款全部进入中国红十字会总会的专属账户。
但原壹基金执行主席周惟彦在接受媒体采访时表示，尽管红十字会努力配合，壹基金和红十字在发展理念、体制机制中存在“冲突和不同”（详见财新传媒《新世纪》周刊报道“壹基金 中断 风波”）。2008年10月，非公募基金会 上海李连杰壹基金公益基金会注册成立。
从2009年起，壹基金成立公募筹委会，实施公募申请，但进展并不顺利，壹基金公募筹委会最初在民政部申请注册，2010年12月3日获得深圳市批准。
目前，深圳壹基金公益基金会的法人代表由著名经济学家、北京大学国家发展研究院院长周其仁担任，秘书长为阿拉善SEE生态协会秘书长杨鹏。王石、马化腾、马云、冯仑、柳传志等人为理事会成员，李连杰为“永久理事”。
