为尽可能充分听取社会各界意见，本市医改方案经市委市政府审议并原则通过后，又于4月22日18时至29日18时上网一周公开征求意见，共收到意见建议990条。提出意见的包括北京市民、外地在京居住或从业人员，从事医药卫生行业的专业人员和社会团体等。
从反馈意见的内容上看，主要有三类：一是对《方案》本身或本市医改提出具体建议的705条，占71.2%；二是仅表述赞赏支持意见的221条，占22.3%；三是咨询类的意见，共64条，占6.5%。
对于咨询类意见，比如有群众咨询，70岁以上的老年人如何报销、常住北京的外地人员是否可上医保等等，按照咨询的事项和部门职责，有关部门分别与建议人取得联系，给予答复和解释。目前，所有意见均已回复。
方案提出，到2011年，本市医改要实现“推进发展、提高效率、减轻负担、促进健康”四大目标，凸显了市委市政府关注民生、深化改革的信心和决心。方案围绕改革医药卫生管理体制、完善基本医药卫生制度体系、健全医药卫生体系运行机制三大方面，提出了十一项重点任务。着重突出了七个方面特点：
一是更加注重促进健康。公共卫生服务要惠及全部常住人口，实施健康促进战略，开展健康知识普及行动、合理膳食行动、控烟行动、全民健身行动、保护视力行动、保护牙齿行动、知己健康行动、恶性肿瘤防治行动、母婴健康行动等九项健康促进行动，不断提高全民健康水平，塑造“健康北京人”，让广大群众有病早预防，少得病、晚得病。
二是更加注重城乡统筹。通过对口支援、土地置换、资源重组、办分院等方式，让优质医疗资源向郊区县延伸；通过整合新农合和城镇居民医保制度，逐步建立城乡一体的基本医疗保障制度。
三是更加注重减轻负担。通过加大公共财政投入力度、整合医保制度、扩大报销范围、提高报销比例、看病实时结算报销、提高医疗救助水平、规范医疗行为、降低药价总水平等措施，让群众“看得起病”。
四是更加注重基层建设。在继续改善硬件条件的基础上，通过有效运用财政手段、培养全科医生、职称评审制度倾斜、医师多点执业、实施绩效工资制度等措施，引导优秀医务人员向基层流动，提高基层医疗队伍素质和服务水平；通过扩大报销范围、提高报销比例、延长基层服务时间，探索家庭医生、家庭病床服务等举措，吸引患者多到基层看病；建立“分级就诊、双向转诊、康复在社区”的医疗服务格局，开展社区首诊试点，引导居民有序就医。
五是更加注重优化布局，整合资源，提高效率。通过新建医疗机构，特别是区域医疗中心重点向新城、城市南部等地区布局，促进城乡、区域均衡发展；根据不同情况，将部分二级医院分别转为区域医疗中心、特色专科医院、老年病医院、康复医院、社区卫生服务中心或划归三级医院，有效整合医疗资源，提高利用效率；通过规范医疗行为、转变服务模式、优化服务流程、延长服务时间、推行预约挂号等举措，提高大医院服务效率。
六是更加注重体制机制创新。按照属地化和全行业管理的要求，建立首都医疗卫生管理协调机制；按照政事分开、管办分开的要求，设立市医院管理机构；进行医保付费方式改革，积极探索按病种付费、按人头付费、总额预付等多种付费方式；按照公益性、准公益性和经营性三个方向，探索公立医院分类改革等。
七是更加注重吸引社会资本。鼓励社会资本举办各级各类医疗机构，参与公立医疗机构重组改制；对社会资本举办的医疗机构，在服务准入、医保定点、人才引进、职称评定、科研立项、监督管理等方面与公立医疗机构一视同仁，对符合规定的医疗服务收入免征营业税，并按照国家及本市有关规定享受土地、税收等其他方面的优惠政策；对社会办医疗机构提供的公共卫生等服务，政府采取购买服务的方式予以补偿。
近年来，本市医药卫生事业发展改革成效显著。医疗卫生投入从2005年54.9亿元，增长到2009年139.2亿元，年均增长26.2%，比同期财政支出年均增长20.5%高出5.7个百分点，占财政支出比例由2005年的5.39%提高到2009年的6.47%。基本医疗保障制度实现全覆盖。2009年，城镇职工参保率达到94.2%，新农合参合率为95.7%，超过国家提出的2011年达到90%的要求，城镇居民参保率达到85%以上。
此外，基本实现城区、远郊平原和山区居民分别出行15、20、30分钟之内可及医疗卫生服务。全市医疗机构年诊疗超过1.4亿人次。按常住人口计算，全市每千人口拥有执业医师3.55人、注册护士3.51人、住院床位5.1张，三项指标均位居全国第一。全市所有医疗保险定点医疗机构药品实行招标采购，药品抽检合格率一直保持在97%以上，处于全国领先水平。
