根据中投顾问产业研究中心资料显示，新医改方案推行以来，在国家2009-2011年要着力抓好的5项重点改革中，“初步建立国家基本药物制度”、“加快推进基本医疗保障制度建设”、“健全基层医疗卫生服务体系”、“促进基本公共卫生服务逐步均等化”都已经开始实施，而惟独“推动公立医院改革”迟迟没有推行。郭凡礼指出，之所以公立医院改革困难重重，主要有以下几个因素影响。
首先，在公立医院改革试点方案还在酝酿时，对于牵头或参与公立医院改革的各部委如卫生部、财政部、发改委等本身对于公立医院改革试点的原则还存在争议。究竟是让公立医院改革回归公益性还是完全交给市场检验本身就没有统一的结论，这直接导致了在公立医院改革推出以后面临重重困难。
其次，中央政府和各地方卫生主管部门对于公立医院改革也同样面临着一个两难的选择。一方面，中央政府希望各地卫生主管部门先摸着石头过河，自己去探索公立医院改革试点；另一方面，各地卫生主管部门希望中央政府给出一个明确的方案和时间表来进行公立医院改革试点。由于双方立场的不同，公立医院改革不得不一推再推。
第三，“以药养医”的体制已经实行了多年，这也是公立医院改革遭遇寒流最根本的原因。在目前我国这种医药体制下想要实现公立医院改革顺利推行无异于痴人说梦，曾经为了我国医院的生存而实行的“以药养医”体制如今已彻彻底底成了我国医药产业中最顽固的疾病。如果“以药养医”的体制不能废除，实行“医”“药”分家，那么公立医院改革的前景则相当暗淡。
中投顾问发布的《2010-2015年中国医药行业投资分析及前景预测报告》指出，虽然公立医院改革困难重重，然而公立医院改革的顽疾终于在2月底打破。由于此次启动的新公立医院改革直指新医改中最为庞杂及敏感的部分，因此这也代表着新医改方案有了“质”的突破，这将为我国新医改划出了一个全新的局面。
