改革的重点是对现有公立医院经济运行机制进行重新设计与再造，建立和完善医院的法人治理结构，最终建立高效规范的医疗卫生机构运行机制和模式。
孙建方委员认为，公立医院改革的关键首先在于合理配置医疗资源，提高医疗资源效率。要加快社区卫生服务机构的能力建设，走真正实现大病进医院，小病进社区的低成本、高效率的公立医院改革之路。将社区医院与各大医院挂钩，建立长期合作关系，形成制度化。大医院医生定期下社区指导、会诊、帮助解决疑难问题，提高医疗质量。鼓励大医院在社区建立卫生服务机构，鼓励大医院通过合作、托管、兼并、新建等方式进入社区医疗卫生服务体系，加快优质卫生资源向社区转移，以实现整体医疗卫生资源的有效利用，解决居民“看病难”问题。而公立医院本身则要进一步改革医院管理体制，建立法人治理结构，努力深化医院人事和分配制度改革。
而在目前，孙建方建议，政府应进一步加大对公立医院的补偿力度，真正承担起公共卫生和基本医疗服务方面的职责，逐年加大卫生事业的经费占财政支出的比例。鼓励社会资金参与提供卫生服务，建立投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制，抑制医疗市场的垄断，多层次满足广大人民群众的医疗卫生需求。还要加强医保监管，规范医疗行为。
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