但是，新医改下的中国医药市场情况已有所不同。随着中国经济的快速增长，值得被完全收购的中国企业由于估值上升，他们对于外企的收购意向并没有足够的兴趣。这就使得建立合资企业成为外企更好的选择，数量不断增多、经营状况更健康的潜在的中方合作伙伴，成为更能诱惑外资药企的新选择。
在这种情况下，不少跨国公司重新考虑将合资经营的方式作为一种替代手段，以便从中国经济持续强劲的增长中获益。前提是采取合资经营方式的企业应该认真反思经验教训，以提高成功的几率。例如，选择能够做出实际业务贡献的合作伙伴、保护知识产权、确保对合资企业运营的控制、协调战略重点、建立能够对环境变化做出快速反应的组织结构等。
选择对路的合资伙伴
当中国在20世纪80年代第一次向跨国公司敞开大门时，日本的一些药企率先与中国当地企业进行合资经营似乎是非常安全的选择，因为可以借此接近和影响当地政府，以获得比较好的税收政策。即便是在今天，许多外企高管也宁愿与国内成熟的大型合作伙伴打交道。
然而，这种选择也会带来一些问题，例如母公司未能与其共享对等的战略利益或商业利益。跨国公司非常重视盈利能力有时，即使增长缓慢也没有关系，而中国的合作伙伴有时则更重视快速增长。因此，在双方的母公司之间以及混合管理团队内部，对于投资有着不同的优先考虑，并且缺乏协作。
在当今中国市场上，跨国公司不妨与能够明确融入其战略目标的本地企业合作，当然，这并不排除与中国成熟的大型企业的合作。但那些快速成长的、私人拥有的、规模较小的公司，有时也是很好的谈判选择。
这些成长性公司为合资企业带来了强有力的商业思维模式和有形的业务资产。例如，2009年，全球制药企业葛兰素史克和诺华选择与这类合作伙伴在疫苗生产市场建立了自己的合资企业。由于分别与两家规模较小的当地企业建立了合作伙伴关系，这两家合资企业不仅获得了政府的疫苗采购计划，而且获得了进一步快速增长所需要的人才库、研发专业知识与技能，以及一种具有企业家精神的管理思维模式。
跨国公司以前在中国可能很少遇到的一个障碍是：随着中国药企高管自信心的增强，许多规模较小的企业都希望自己成长为全国性、地区性乃至全球性企业。这种愿望可能会使双方在合作范围上那些达成一致变得更加困难。例如雄心勃勃要把国产药品送出国门的央企，或是寻求在证券市场上市的成长性企业。
如果这种合作伙伴关系只局限在国内，或只针对某些特定产品的话，可以采取的一种解决方法就是，分别规定在国内和在全球范围的合作程度。这种合作是否包括获得海外销售渠道，针对特定市场的竞业禁止条款，并就有可能将合作伙伴关系发展到其他产品线的原则达成一致。
不能忽视的组织结构问题
一旦合资企业成立并投入运行，跨国公司就应下决心管理好这家企业，就像它是自己的孩子一样，要实施由合资企业直接向母公司汇报。
这样的举措在任何合资企业中都至关重要，可为高级管理人员及时提供他们评估企业绩效所需的信息。
另一方面，由于中国医药行业发展迅速，要求双方合作伙伴对市场或监管政策的变化迅速做出反应。
在这方面，跨国公司就不一定占优势了。中方公司的决策流程中可能会涉及比较多的高管，一旦做出决策，管理人员就会迅速执行。而外企的反应就相对迟缓一些，往往会受国家和地区管理机构各层级的制约。如涉及重大事务的决策，一家合资企业的外国高管向跨国公司的中国区负责人汇报，该负责人又向国际部门负责人汇报，然后，这位负责人最终还得向首席执行官汇报。
上述做法凸显出一个组织结构问题。许多跨国公司都设有一个中国区CEO，这位首席执行官是该公司在华对外形象的代表，并试图制定或影响在中国的整体战略。但是，在中国的产品线运营往往被纳入总部设在欧洲、日本或美国的全球业务单元、职能部门管理，这些业务单元或业务部门通常仍保留了大部分盈亏责任。本土市场也继续拥有全球研发、产品开发、IT和其他职能部门并掌握决策的权利。如此一来，在中国的业务单元负责人事实上就承担起了销售经理的职责。
事实上，一些成功的跨国公司规定了中国区高管向其首席执行官负责的直接统属关系。另一些跨国公司将在中国运营的职责指派给自己的管委会成员，有时则采取同时对地区组织负责的双重统属关系。
例如，当一家欧洲制药企业将中国作为其第二本土市场时，它会提拔其中国区总裁进入全球运营管委会，并委派全球首席执行官每年有一定的频次到中国与合资伙伴见面。其结果是改善了跨国药企与国内相关机构的合作，双方母公司的高管层互动也更加频繁，关系更加深入，合资企业混合管理团队的配合也更加密切。
