1、心脏。咖啡因以两种方式作用于心脏：除了影响调节心血管系统的大脑中枢，也直接对心脏产生作用。高剂量的咖啡因能使不耐受咖啡因的人每分钟增加 10~20 次心跳，并且可能使某些人短暂心律不齐。
因此，适度饮用含咖啡因（平均每天最多 500 毫克）的饮品，不会大幅提高心脏疾病风险，但超过这个剂量可能会增加患心肌梗死的风险。
2、肾脏。早上喝咖啡后爱上厕所，是许多人经常遇到的事。这是因为咖啡因会影响肾脏的腺苷受体，起到类似利尿剂的作用。咖啡因也可能减缓大脑释放一种减少尿液生成的抗利尿激素。
3、消化系统。咖啡中的酸质、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜，并促进胃酸分泌，长期大量饮用含有咖啡因的饮品，会导致胃病。
4、呼吸系统。咖啡因及类似药物对于呼吸有两种影响，一是增加呼吸速率。此外，咖啡因可使气管周围的平滑肌放松，因而使气管扩张，增加呼吸量。但咖啡因不可以作为药物用于临床来治疗哮喘。
5、生殖系统。有研究指出，妇女怀孕期间喝咖啡，生下的婴儿出生体重较低。也有研究显示，服用咖啡因（相当于每天喝多于一杯咖啡）可能显著降低妇女受孕的机会。
6、眼睛。咖啡因会使眼部微血管收缩（变窄），使得进入眼睛细胞的营养物质减少，也会降低眼睛清除废物的速率。
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