过去，人们最担心的超级耐药菌是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)，而万古霉素是治疗MRSA感染最有效的抗菌药物，但是，也早已出现了耐万古霉素肠球菌(VRE)。现在又出现了能抵御一切抗生素的NDM-1，实在是让人们感到岌岌可危，也许有一天人类患病后无药可用。
面对全球性的细菌耐药，如果能从根源上找到原因，有可能解决这一难题。细菌耐药分为天然耐药性和获得耐药性，前者是指细菌天生就拥有的耐药性，而后者是在后天的生存环境中产生的。例如，当人类长期应用抗生素时，占多数的敏感菌株不断被杀灭，耐药菌株就大量繁殖，代替敏感菌株，使得细菌对某种和某些药物的耐药性不断升高。尽管细菌的天然耐药和获得耐药孰重孰轻存在争论，但获得耐药已经是当今人与生态环境的一个突出现象。
面对这种情况，当然有不同的对待方式。一些科学家认为，对待细菌耐药只能用杀伤力更强大的药物来消灭耐药菌，这就是大棒政策。因为人类可以利用科技的力量战胜一切，更何况小小的细菌。这不仅是一些主流科学家的观念，而且更符合大量制药厂商的利益。在这样的思路之下新药研制层出不穷，而针对细菌耐药特点的科研成果也不断出现。
细菌耐药的生物和药理学原因有两个，一是细菌基因组上抗生素作用靶点的基因突变，使抗生素失去作用；二是细菌获得了编码特殊酶的基因，这种酶可以分解抗生素，使抗生素失去活性，这样的基因就是耐药性基因。这种基因位于细菌细胞内称为质粒的环状DNA上。质粒可以从一个细菌进入另一个细菌，耐药基因也从一个细菌传到另一个细菌。因此，美国伊利诺依大学的化学家保罗·赫根勒特尔发现了一种可以将携带耐药基因的质粒从细菌细胞内驱逐出去的方法。从这种原理入手，可以研发更新的摧毁耐药细菌的药物。
还有研究人员提出，可以针对细菌赖以抗药的酶来杀灭耐药菌。例如，β-内酰胺类药物是临床应用最广泛的抗菌药物，而一些细菌由于有灭活酶或钝化酶，可以抵御抗生素的攻击。英国研究人员这次在南亚和英国病人身上发现的这种耐药菌就是一种拥有β-内酰胺酶新基因的细菌，故称为“新德里金属β内酰胺酶”，几乎所有抗生素都对它无效，其中包括效力最强的碳青霉烯类。
一些研究人员认为，可以针对这类耐药的细菌联合应用酶抑制剂。例如，拥有β-内酰胺酶的细菌可抵御β-内酰胺类抗菌药，因此可应用另一些能抵抗此酶的抗菌药物，如甲氧西林、苯唑西林等均能对抗金黄色葡萄球菌产生的青霉素酶。但是，对待新的有强大耐药性的NDM-1是否有别的有效药物需要临床实践来检验，而且这样做势必增加抗生素的用药量和种类，也会造成更多细菌的耐药性。
不过，随着新的抗菌药的出现，细菌也会产生新的耐药性，人类可以不断生产新药这种大杀伤力的矛，而细菌则会相应生成抵御新药的强大的盾。如此，人类就会与细菌产生绞杀与反绞杀、围剿与反围剿的征战。在这样的战争中，谁是胜利者，何时是战争的尽头，谁都难以预测。
当然，对待细菌耐药的另一种方法就是用软的一手，即给予胡萝卜，与细菌和平相处或井水不犯河水。对细菌采用软实力并非是不用抗生素来抑制和杀灭细菌从而治病救人，而是要有针对性地用药和少用药，不能动辄就用抗生素去招惹细菌，否则就会让其适应抗生素并产生耐药性。现在，英国已经强行用这样的方法来对付细菌的耐药。例如，早在2004年，英国国家医疗服务系统所属的“全国卫生与临床学会”就出台规定，医生不得给患有轻微耳道感染、咽喉痛、扁桃体发炎、感冒、咳嗽、鼻窦炎、支气管炎的病人开具抗生素类药品处方，取而代之的是让患者回家休息或服用止痛片。因为抗生素类药品不但对缓解症状没什么帮助，还会产生不小的副作用，包括导致细菌耐药。
而在中国，不仅没有这样的强制性措施，反而因种种原因在滥用抗生素，例如以药养医模式下的滥用药物和过度医疗造成抗生素的大量应用，从而造成了许多细菌的耐药性和很多抗生素的无效。
