依照“药品价格管理办法”，化学药品、生物制品、中成药等类别的医药企业的期间费用率和销售利润率都有大致的区间，例如针对化学药品中的有效成分创新类别，销售利润率不得超过18%，相比之下，对生物制品和中成药同类别药品的销售利润率限制要高一些。
在一家化学药企业看来，这种规定有失偏颇，对化学药的利润限定过于苛刻，而对中药企业和生物药企业限定的利润空间就高出几个点，这样规定的原因和依据是怎样的?是否公平?
而事实上，中药企业对这样的规定也存在怨言。一家中药企业人士表示，今年以来，旱情带来的中药材价格猛涨，中药企业的成本发生大幅波动，如果对中药企业的利润率进行这样统一化的限定，不太符合企业实际经营环境，企业也因此可能承担较大的压力。
抛开医药企业的消极反应不说，单从如何落实对医药企业的成本普查和核算来看，就存在很大的操作难度。业内人士称，“上有政策，下有对策”，企业自身调节的空间也比较大，钻政策空子的行为很难避免。发改委价格处有关人士坦言，普查工作的确存在很大的难度，落实的各方面成本会比较高。
药品的流通从生产厂家到医药流通商再到医院或零售药店，所经的链条很长，终端药价相比较药品出厂价也是经历了层层加价，因此核算医药企业成本很大程度上是保证了药品出厂价实现最低化，而之后的医院这类零售终端对高价药的“喜好”却足以再将药价推向虚高。以此看来，降低药价必须针对整个药品生产流通链条全方位“动手术”。
事实上，目前我国存在较严重的“以药养医”体制，公立医院因此形成了对高价药的依赖，低价药甚至因不受医院的欢迎而逐渐从医院药房消失。因此在很大程度上，公立医院改革才应该是降低药价的攻坚战，如果仅从核算医药企业角度来降低药价，很可能会事倍功半。
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