《意见》明确支持我国医药行业由大变强，面对我国医药行业发展结构不合理，自主创新能力弱、技术水平不高、产品同质化严重、生产集中度低等问题，《意见》指出加快结构调整是战略性新兴产业的紧迫任务。
中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，此次三部委发布的《关于加快医药行业结构调整的指导意见》提出了具体的任务和目标。比如基本药物主要品种销量居前20位企业所占市场份额应达到80%以上等，这使得此次《意见》显得饱满。这不仅是此次《意见》的一大亮点，也是同以往“大纲领、大框架”政策最大的不同之处。
郭凡礼指出，当然，此次《意见》仍有自身的不足。那就是虽然提出了明确的目标任务，但是却没有提出相应的措施和扶持方案，这不仅使得此次《意见》显得头重脚轻，而且也给其提出的远大目标蒙上了一层薄雾。比如《意见》中明确提到了要减少国内医药企业的数量，但是具体怎么减、减多少并没有一个十分量化的指标。
中投顾问研究总监张砚霖指出，也正是没有明确的措施，因此此次《意见》中提到的目标是否能实现仍然是个问号。拿“医药百强企业销售收入占到全行业的销售收入的50%以上”来说，如今我国医药百强企业销售收入占到整个医药行业的25%，5年内从25%提高到50%如果没有中央及地方政府的支持，单靠市场行为很难实现这一目标。
中投顾问发布的《2010-2015年中国医药行业投资分析及前景预测报告》指出，此次《关于加快医药行业结构调整的指导意见》主要将对创新能力和研发实力比较强的医药各细分行业的龙头企业带来利好，比如中药类的康美药业、天士力；生物制药类的华兰生物、天坛生物；医疗器械类的万东医疗以及受益基本药物集中度提升的哈药股份等等。
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