在美国，孤儿药，或者用于治疗患病人数少于20万的罕见疾病的药物，是有优惠政策的，如税务优惠，更长时间的市场独占期，费用减免等。
首次提出这些优惠的是1983年的孤儿药法案，意在刺激对罕见病药物的开发，在此之前制药行业往往忽略这些药物。
近年来，FDA批准的孤儿药越来越多，许多过去缺医少药的疾病的治疗也有了进展。
指南：
FDA表示，其新指导应当帮助解决一些问题，尤其是对孤儿药研发者的挑战：
对疾病自然发展的充分描述和理解；
充分了解疾病的病理生理和药物的作用机制；
非临床药理毒理方面的考虑，以支持临床调研；
可靠的终点和结果评价；
建立安全性和有效性数据的证据标准；
药物开发过程中的药物生产考量。
虽然指导中的问题也出现在其他药物开发领域，FDA表示这些特殊的问题是药物所要治疗的“更严重、更罕见的病症”。
该指导鼓励企业对疾病的病理生理进行研究，并更好理解疾病如何导致有意义的生物标志物的鉴定和个体疾病的独特变异。
虽然企业一般要进行临床前研究以确定毒理学资料表明一种药物“相对安全，可以进行临床研究”，FDA表示也有不多的案例，企业做出“现有治疗不够的、严重或危及生命的疾病”的毒理学研究之前，已被授权可以进行临床试验。
指导继续提供了FDA对有效性和安全性证据的要求和灵活性的解释，包括化学生产控制部分。
自然发展研究：
FDA希望看到更多的企业对疾病进行自然发展研究，以便掌握特定疾病的更多知识。
自然发展研究从一开始就看到了某种疾病的整个进程，通过疾病生命周期的每个阶段，直到结束(病人被治愈，症状缓解或病人死亡)。通过这些研究，FDA表示企业能够制定出更有效的药物开发方案：
定义疾病人群，包括描述疾病的表现和重要疾病亚型的鉴别；
了解和实施临床研究的关键要素，如研究时间和亚群的选择；
发展和选择更具体或更敏感的疾病表现变化的结果措施，或比现有的措施更快速地证明安全性或有效性；
开发新的或优化的生物标志物，可提供概念验证(proof-of-concept，POC)信息，指导剂量的选择，允许安全隐患的早期识别，或提供有效性的证据支持。在某些情况下，生物标志物可用于替代终点。
FDA还宣布，它将与美国罕见病组织(National Organization for Rare Disorders, NORD)合作，资助罕见病自然发展数据库的发展。
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